Historia de Vilcabamba la Grande
Cuando Francisco Pizarro llegó a las costas del Perú el imperio Inca estaba dividido por una cruenta guerra civil que enfrentaba al Inca Huáscar contra su hermano Atahualpa. En el transcurso de los combates Huáscar cayó prisionero y fue ejecutado, por lo que cuando Pizarro condenó a muerte a Atahualpa en Cajamarca en 1533, en Cusco recibieron a los españoles como amigos y libertadores. Pizarro estableció una alianza con Manco Inca Yupanqui, hijo de Huáscar y apoyó su nombramiento como nuevo Inca en Cusco con la intención de mantenerlo como figura decorativa.
En 1535 Almagro salió de Cusco hacia Chile y Pizarro partió para Lima dejando en Cusco una pequeña guarnición de españoles bajo el mando de Hernando Pizarro. Manco Inca comprendió pronto que los españoles restringían su libertad de movimientos y no pensaban marcharse.
Hernando Pizarro maltrató al Inca y a su familia humillándole al apresarlo en medio de una fiesta familiar, poniéndole grilletes y metiéndolo en prisión acusado de planear una revuelta. Manco Inca les dio varios objetos de oro y con la promesa de traer un gran tesoro consiguió autorización para salir de Cusco en Abril de 1536. Una vez libre reunió un gran ejército con el que puso cerco a Cusco un mes después.
La ciudad estuvo seriamente amenazada durante trece meses por decenas de miles de guerreros incas, pero los españoles, uno o dos centenares y varios miles de defensores locales consiguieron resistir hasta que ante la inminente llegada de refuerzos se levantó el cerco. Contribuyeron a este resultado algunos errores militares de los generales de Manco Inca además del armamento de los españoles: armas de fuego, corazas y espadas de acero, contra hondas y mazas de piedra y bronce. Manco finalmente se retiró hacia el refugio natural que forman los ríos Urubamba-Vilcanota y Apurímac al abrazar la sierra de Vilcabamba; allí se replegó con treinta mil guerreros y fundó un reino independiente en el corazón de los Andes.
Desde Vilcabamba, Manco Inca mantuvo una intensa guerra de desgaste y resistencia contra las tropas españolas amenazando las comunicaciones entre Cusco y Lima. Intentó sacar partido de la guerra civil entre los partidarios de Pizarro y Almagro y concedió hospitalidad a cinco almagristas fugitivos; pero le traicionaron y lo asesinaron en presencia de su hijo pequeño, Tito Cussi.
Tras la trágica muerte de Manco Inca fue designado sucesor su primogénito, Sayri Tupac, de sólo diez años. Años después aceptó negociar con los españoles y sus aliados, recibió a algunos mediadores enviados por el Virrey, entre ellos a Juan de Betanzos y finalmente firmó la paz. Aceptó el bautismo en 1558, salió de Vilcabamba, recorrió triunfalmente el país y se fue a vivir a Yucay, en el Valle Sagrado junto al río Urubamba. Antes viajó a Lima y a Cusco donde fue aclamado como Inca. Murió al poco tiempo en su palacio en Yucay – del cual se conserva en la actualidad la fachada.
Su hermano, Tito Cussi se proclamó tercer Inca en Vilcabamba. Organizó una eficaz lucha de guerrillas contra los españoles, convirtiendo el pequeño reino en el símbolo de la resistencia incaica. Planeó una fallida rebelión de pueblos que pretendía echar al mar a los españoles y reconstruir el imperio inca. Más tarde firmó un acuerdo de paz y murió en extrañas circunstancias.
El cuarto Inca de Vilcabamba, Tupac Amaru, tuvo un reinado tan breve como dramático. El Virrey Toledo se enfureció cuando fue atacada la embajada de paz que envió a Vilcabamba y organizó un ejército para conquistar el reino. El 24 de Junio de 1572 las tropas españolas entraron en su capital, Hatum Vilcabamba o Vilcabamba la Grande, que había sido incendiada la noche anterior por sus ocupantes en retirada. El Inca Tupac Amaru fue capturado en la selva, ejecutado en la plaza de Armas de Cusco y convertido en símbolo del imperio perdido.
Después de la conquista de Vilcabamba la Grande los españoles fundaron una nueva población en un lugar más adecuado para sus planes de explotación minera llamada San Francisco de la Victoria de Vilcabamba, o Vilcabamba la Nueva. Vilcabamba la Grande, el último reducto Inca se despobló y con el paso del tiempo la vegetación ecuatorial y el olvido cubrieron los restos de la última capital inca.