A Cartoteca do Instituto Hidrográfico (IH) conta com uma colecção de cerca de 4.000 documentos, sobretudo cartas hidrográficas, em que as mais antigas datam do início do século XIX . A actualização da colecção é permanente, resultado da produção cartográfica do IH, mas também da permuta realizada com outras instituições congéneres. Portugal continental e ilhas, assim como os antigos territórios ultramarinos, constituem o essencial desta colecção. Destacam-se as cartas hidrográficas, em particular as náuticas, mas também existem cartas topográficas, geológicas e outras. Decorre actualmente o processo de digitalização da totalidade do acervo existente, estando prevista a disponibilização de uma base de dados com imagens associadas.